근대 화합물 명명법이 제정되기 전까지 여러 화학물질의 이름에는 연금술사들의 비밀스럽고 신비한 이름들이 사용되었다. 알가로트 가루(powder of algaroth: SbOCl)), 투르비트 광물(turbith mineral: HgSO₄2HgO), 콜커타르(colcothar: Fe₂·O₃), 아연의 꽃 (flowers of zinc: ZnO), 안티모니의 버터 (butter of antimony: SbCl₃), 비트리올의 기름(Oil of vitriol: H₂SO₄) 등이 그 예이다.

동양에서도 이와 비슷하게 주사(朱沙: HgS), 밀타승(密陀僧: PbO), 철단(鐵丹: Fe₂O₃), 아연화 (亞鉛華: ZnO) 등이 화합물 이름으로 사용되었다. 이들 이름이 아직도 간혹 사용되고 있으나, 괄호 속의 화학식이 없다면 이들 물질의 구성 원소나 상호 연관성을 짐작할 수는 없다.

라부아지에 등은 산화물(oxide), 황화물(sulfide), 산, 그리고 염의 체계적 명명법을 이들을 구성하는 중심 원소이름의 어간에 접미어를 사용하여 만들었다. 또한 같은 원소에서 만들어진 산과 염에서 산소 양이 다른 것을 이름으로 구분하였다. 예로, 유황 (sulfur)에서 만들어지는 황산(sulfuric acid: H₂SO₄)와 아황산(sulfurous acid: H₂SO₃)을 구분하였으며, 이들의 염인 황산염(sulfate)과 아황산 염(sulfite)도 구분하였다. 현대적 화학 언어의 대변혁은 원소기호의 창안으로 일어났다.

이 화합물은 2차 대전시, 한 회사가 비닐시아나이드 (vinyl cyani de)라는 이름을 사용하여 철도회사에 운송을 부탁하였으나, 위험하다는 이유로 거절당한 후 acrylonitrile란 이름으로 바꾸어 성공적으로 운송하여 회사를 위기에서 구한 일이 있다. 처음 이름 속에 들어 있는 ‘cyanide’가 독극물인 청산가리 (potassium cyanide: KCN)을 연상시켜 운송이 거절당하지 않았나 여겨진다. 살충제 DDT는 영어로만 80 가지 이상의 다른 이름이 있다.

해당 분야에 깊은 전문 지식이 없는 사람은 이들이 같은 물질이라는 것을 아는 것은 불가능하다. 이러한 점이 특허 심사나, 국제 무역의 통관 과정에서 물질을 검색하는데 많은 어려움을 준다. 화합물을 코드화하는 것을 일부 추진 중이다. 최근의 정보 기술로 코드를 검색하면 분자식, 각종 이름, 성질 등이 나올 수 있다. 다만 수백만 가지의 화합물에 대해 모든 국가의 사람들이 동의하고 사용하게 하는 코드를 어떻게 만드는가는 어려운 과제이다.